行基によって開創されたが荒廃。その後、弘法大師が日本武尊ゆかりの弥蘇場（八十場）の泉近くで霊感を得て、十一面観世音菩薩をはじめ、阿弥陀如来、愛染明王を彫造し再興した。保元の乱（1156）に敗れて流された崇徳上皇がこの地で崩御し、その御霊を鎮めるために建立された崇徳天皇社の別当寺に任じられた。当初は摩尼珠院と号したが、その後地名により地元では「天皇さん」と称され、明治20年に天皇寺と改名された。四国八十八ヶ所,お遍路旅はこおりタクシーへ。