用明天皇（在位585～87）の時代、大阪・四天王寺の造営に渡来した百済の仏師が帰国途中土佐沖で暴風雨に襲われた。薬師如来坐像を彫造し、海上安全を祈って本尾山山頂に祀ったのが起源という。その後、弘法大師がその薬師如来像を本尊とし開創。その折に唐から持ち帰った五穀の種子を蒔いたことから、種間寺と名付けたといわれる。境内に並んでいる底の抜けた柄杓は、安産祈願。四国八十八ヶ所,お遍路旅はこおりタクシーへ。