弘仁6年（815）、四国を巡錫中の弘法大師が鮎喰川を挟んで対岸にある「大師ヶ森」で護摩修法を行っていると、空中に紫雲とともに大日如来が出現。「この地は霊地なり、心あらば一宇を建立せよ」と告げられた。それを目にした大師はさっそく大日如来を刻んで本尊とし、堂宇を建てて安置した。寺名もこのことにちなんでつけられたものだ。後に阿波の総鎮守である一宮神社が建てられた時には別当寺となり、管理にあたっていた。明治時代の神仏分離令により、一宮神社にあった行基作といわれる十一面観世音菩薩は大日寺に移され本尊となり、もとの本尊である大日如来を脇侍仏とした。

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