開創年代ははっきりしないが、弘法大師が長く滞在して修法し、一尺八寸（約55㎝）の大日如来を彫って本尊にしたという。ご本尊が大日如来の寺は四国八十八ヶ所霊場中6ヶ寺しかなく、真言宗では「宇宙の中心、万物の根源とされ、人々にあまねく、慈悲をもたらす最高の仏」とされている。大師は本尊にちなんで寺号を大日寺とし、第4番に定めた。その後歴史のうねりの中で、寺は何度も廃寺になってはその度に再建されている。天和・貞享年間（1681~1688）に再建された後は、大日如来を守り本尊としていた当時の阿波藩主蜂須賀家の帰依を受け、堂塔の修理なども行われた。

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